项目介绍
柑橘黄龙病菌基因型数据库

        黄龙病菌亚洲种8个可变数量串联重复序列(VNTR)位点数据是柑橘黄龙病菌亚洲种遗传多样性研究数据,包含柑橘黄龙病菌亚洲种(Candidatus Liberibacter asiaticus)广西分离物基因组(基因库登录号CP004005)上筛选获得的8个可变数量串联重复序列位点,及相应引物对414个来自不同国家/地区的柑橘黄龙病菌样品的扩增结果数据。在柑橘黄龙病菌基因组上开发/挖掘一系列VNTR分子标记,并基于此对不同地理来源的黄龙病菌进行遗传多样性分析,不仅有助于明确该菌的遗传分化情况,也有助于明确黄龙病新发地区病原菌的来源,进而有助于控制该病害的传播扩散。


研究数据


  • Las-V-1 查看详情

    在基因组上的位置:522325 - 522368

    引物:
    Las-V-1-F(FAM-GTTGATGAATTACCATGACAGCAGb)
    Las-V-1-R(GCATAAGAATAGAAGAACCCTAAGC)

  • Las-V-2 查看详情

    在基因组上的位置:242132 - 242189

    引物:
    Las-V-2-F (FAM-ACGATTGGGGATACAGGCAT)
    Las-V-2-R (AGCAGCATTCTGTGCCTCTT)

  • Las-V-3 查看详情

    在基因组上的位置:339524 - 339560

    引物:
    Las-V-3-F (NED-CCTACTGGAAACAAATGGAATACTG)
    Las-V-3-R (CTTATCAACACCTTAGCAACTATATCG)

  • Las-V-4 查看详情

    在基因组上的位置:345597 - 345632

    引物:
    Las-V-4-F (FAM-TTCTATTCATACATTTAAAATTAAAATAAG)
    Las-V-4-R (CTCTTTCCTCTCTATATTATTATTGG)

  • Las-V-5 查看详情

    在基因组上的位置:362777 - 362794

    引物:
    Las-V-5-F (VIC-GAAGAAGAGACGGAGGTTAAGC)
    Las-V-5-R (ACTACATCGGTGTCGGTATCG)

  • Las-V-6 查看详情

    在基因组上的位置:639884 - 639923

    引物:
    Las-V-6-F (FAM-AAAGATCAAATGCGTTGCGT)
    Las-V-6-R (CTGATCATATCAAATCCAAATACCA)

  • Las-V-11 查看详情

    在基因组上的位置:1143789 - 1143808

    引物:
    Las-V-11-F (VIC-GTCCTTGACTAGATAGACTACTACC)
    Las-V-11-R (TGGTGGTTATGGCTTCTTGTC)

  • Las-V-13 查看详情

    在基因组上的位置:519764 - 519788

    引物:
    Las-V-13-F (NED-CTATAAATCCCTTTACTGATATGTTTCC)
    Las-V-13-R (GAAGTGATAATAACTACAGCAATAAGAG)

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研究数据集

GUID:Data

本数据库为广西创新驱动发展专项资金项目“柑橘黄龙病综合防控技术研究与示范”课题“柑橘黄龙病菌功能基因组学与遗传多样性研究”(桂科AA18118046-4)的研究成果。

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